Sus causas son desconocidas, pero se han tenido evidencias obtenidas en necropsias y diferentes estudios como la tomografía o la resonancia y estudios clínicos, se ha visto que en la mayoría de los casos hay una agenesia de los núcleos de los pares VI y VII, o bien estos núcleos empiezan su desarrollo normalmente y más adelante en alguna etapa del desarrollo embriofetal, por algún evento isquémico, se destruye. Por otro lado, la presencia de metrorragias intensas durante el embarazo de madres con hijos con este síndrome es muy común. Por otro lado, en Brasil donde se ha observado una fuerte relación entre la aparición de este síndrome, cuyas madres hanian ingerido dosis masivas de misoprostol intentando abortar clandestinamente. Este medicamento es un análogo de la PGE-1 (Prostaglandina E 1), actúa sobre el útero gestante provocando contracciones en donde se produce una fuerte reducción de flujo sanguíneo uterino-fetal. En resumen las causas del síndrome de Moebius puede tener muchas causas (genética, factores teratógenos, anomalías placentarias, etc) en cualquier de los casos hay agenesia o destrucción de los núcleos de los pares craneales VI y VII, situados en el tronco cerebral.
Los síntomas más notables se presentan en las expresiones y funciones faciales. En recién nacidos hay una incapacidad de aspirar y babear en exceso, puede haber deformidades de lengua y mandíbula, estrabismo, problemas de oído y dentales.
No hay tratamiento curativo, pero requiere de un equipo multidisciplinario, desde médico pediatra hasta educadores, ya que es importante la integración social y laboral. El tratamiento existente es fundamentalmente quirúrgico.
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